La primera mención documental de Chapi se realizó en 1655. En 1709 la imagen ya era venerada en varios poblados de Churajon denominados La Huaca o Sahuaca, los que según parece fueron evangelizados por los Jesuitas de Moquehua, quienes construyeron una capilla a tal efecto.
Posteriormente, debido a la expulsión de la Compañía de Jesús de los territorios hispanos e hispanoamericanos en 1676, la capilla fue confiada desde 1785 a los Padres Franciscanos. Poco tiempo después, una orden real dispuso que las aguas que irrigaban esos pueblos fueran desviadas, ello motivo que los agricultores trasladasen junto a sus enseres y pertenencias los objetos de culto, como la imagen de la Candelaria hacia un lugar de la quebrada de Chapi a unos 5 km hacia abajo del Santuario actual. El hecho se produjo en 1743, allí también se construyó una capilla de piedra y barro, con techo de paja de 2 metros por 7,70 metros conocida como la capilla vieja.
En 1798 a causa de los destrozos que hacían los peregrinos en las cementeras del valle, se decidió el traslado de la venerada imagen hacia Sogay. Cuenta la tradición que la imagen no avanzo más allá de la primera cuesta o subida, pues no había fuerza humana capaz de mover su aumentado peso. Varias mujeres quechua hablantes escucharon una voz que ellas atribuyeron a la imagen de nuestra Señora que decía: «Chaypi, Chaypi» que significa «Aquí, aquí».
El maravilloso suceso habría motivado que la imagen se quedase allí y fuera conocida como «Nuestra Señora de Chapi». Los fieles le levantaron una capilla pequeña de piedra y barro, techo de paja (chujlla) que duro hasta el terremoto de 1868, el cual la destruyo completamente. En 1872 se inició la construcción de una capilla más digna que se concluyó en el año de 1887.
En 1893 se comenzaron a excavar los cimientos de un nuevo templo: templo viejo o Iglesia vieja de 41 metros por 9 de ancho de techo abovedado y de calaminas, que son los restos del templo que aun hoy podemos ver en la actual explanada. En esa época se produjo un hecho milagroso relacionado con la ardua tarea de acarrear los sillares para la obra. Los obreros, cansados y sin agua, habían decidido retirarse de la obra, pero uno de los picapedreros pidió con profunda fe a la Virgen que les proporcione el agua y este la encontró bajo una piedra inmediatamente a 20 metros del lugar de trabajo, así mismo, con el agua encontrada fue curada una persona que sufría problemas en la vista. Hoy lo conocemos como el «Ojo del Milagro».
Años después, este templo se incendió el 3 de mayo de 1921 y el 11 de mayo siguiente sufrió un terremoto, los trabajos de restauración fueron concluidos en mayo de 1929. Se colocó la piedra fundamental el templo nuevo en mayo de 1942 y fue terminado en 1968. El 28 de abril de 1986 por Decreto Arzobispal, fue declarado Santuario Arquidiocesano y el 21 de septiembre de 1995 el Prelado Arquidiocesano de ese entonces Mons. Fernando Vargas pudo consagrar solemnemente el templo.
El templo nuevo fue afectado seriamente por el terremoto del 23 de junio de 2001 y demolido a principios de 2002 y en septiembre de 2003 se crea la comisión encargada de la reconstrucción del nuevo templo.
Actualmente se viene construyendo el Santuario de nuestra Mamita con una gran infraestructura para recibir a los fieles y peregrinos que año a año se congregan junto a nuestra Señora.
El 25 de noviembre de 1983 la imagen de nuestra Señora fue llevada hasta Arequipa, siendo esta su primera visita histórica por motivo de la sequía que afectó a toda la provincia. Años después con motivo del Jubileo del año 2001 la imagen fue llevada a la ciudad de Arequipa, posteriormente el 8 de septiembre de 2003 la imagen fue trasladada a la Iglesia de «San Juan Bautista» en Yanahuara en Arequipa siendo esta su cuarta visita a nuestra ciudad.